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单细胞RNA测序分析原发性胃腺癌的转录异质性

2020-09-21 科研新知

目的:肿瘤异质性是胃腺癌(GA)准确诊断和治疗的主要障碍。在这里,我们报告了一个系统的转录图谱,以使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)描绘GA中的分子和细胞异质性。

设计:我们对来自9个肿瘤和3个非肿瘤样品的27677个细胞进行了无偏转录组的scRNA-seq分析。使用大规模组织学分析和大量转录组数据集验证了分析结果。

结果:我们对肿瘤细胞的综合分析确定了五个具有不同表达谱的细胞亚组。一组与分化相关的基因揭示了肿瘤内和肿瘤之间分化程度的高度差异。低分化程度可以预测GA的不良预后。其中,三个亚组表现出不同的分化程度,这与劳伦亚型的组织病理学特征非常吻合。有趣的是,其他两个亚组显示出独特的转录组特征。激活Wnt/β-catenin信号通路的一个表达主细胞标志物(例如LIPF和PGC)和RNF43的亚组与先前描述的实体基础腺型GA(主要为主细胞,GA-FG-CCP)一致。我们进一步使用转录组谱和组织学图像证实了GA-FG-CCP在两个公共数据集中的存在。另一亚组感染了Epstein-Barr病毒后,特异性表达了与免疫相关的特征基因(例如LY6K和主要组织相容性复合体II类)。此外,我们还分析了非恶性上皮,并提供了分子证据,表明其可能从胃主细胞过渡到表达化生的MUC6 + TFF2 +解痉多肽。

结论:本研究为揭示胃肿瘤的异质性提供了有价值的资源,有助于胃癌的精确诊断和预后判断。

Zhang M, Hu S, Min M, et al. Dissecting transcriptional heterogeneity in primary gastric adenocarcinoma by single cell RNA sequencing [published online ahead of print, 2020 Jun 12]. Gut. 2020; gutjnl-2019-320368. DOI: 10.1136/gutjnl-2019-320368
 

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