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使用标准化的单分子RNA测序方法提高捕获全长同工型的多样性(图文)

2020-09-08 科研新知
   人类基因在转录后形成大量的同工型,编码不同的转录本来发挥不同的功能。单分子RNA测序通过显著延长核苷酸读取长度,有助于准确识别同工型。然而,单分子RNA测序所捕获的mRNA分子也不能完全代表基因或同工型的多样性。在这里,我们发现,与未标准化的捕获程序相比,PacBio RS II测序文库制备之前的cDNA标准化程序捕获了不同人类样品的全长3.2-6.0倍的全长高质量同工型。可以检测到许多低表达、功能重要的同工型。此外,标准化PacBio RNA测序也能解析出更多的等位基因特异性单倍体转录物。最后,我们应用基于cDNA标准化的长读RNA测序方法对人胃印戒细胞癌的转录组进行了分析,确定了新的肿瘤特异性转录组特征,从而在基因表达研究中展现出改进方案的实用性

Hu, Y., Shu, X., Yu, J. et al. Improving the diversity of captured full-length isoforms using a normalized single-molecule RNA-sequencing method. Commun Biol 3, 403 (2020). DOI https://doi.org/10.1038/s42003-020-01125-7

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